Al regresar de sus vacaciones de verano, los estudiantes de la Clase 3-E de la prestigiosa escuela secundaria Kunugigaoka se encuentran en una situación inmejorable. Ante la posibilidad de la aniquilación del mundo, los estudiantes deben encontrar formas cada vez más elaboradas y creativas de matar a su maestro, el astuto pero optimista y servicial Koro-sensei. Sin embargo, eliminar a Koro-sensei no es el único objetivo por el que los estudiantes deben preocuparse. Gakuhou Asano, el despiadado y cruel director de la academia, busca evitar el éxito de la Clase 3-E lavando el cerebro de sus otros alumnos trabajadores para convertirlos en máquinas de estudio despiadadamente competitivas. La hostilidad comienza a flotar en el aire cuando traidores y asesinos por igual intentan reclamar la recompensa por la cabeza de Koro-sensei para sí mismos. Nagisa Shiota, uno de los asesinos más hábiles de la Clase 3-E, se encuentra en medio del conflicto. Mientras trabaja para mantener su posición académica y evitar el fin del mundo, los asuntos domésticos ponen en peligro su lugar en la Clase 3-E. Junto con sus dedicados compañeros de clase, ahora debe enfrentar las amenazas de frente.