Durante un viaje a Yokohama, Kenshin entabla amistad con un guerrero llamado Shigure, que casualmente en la guerra civil que precedió al nacimiento de la era Meiji ambos se encontraban luchando en diferentes bandos. En la actualidad parecen compartir el mismo desprecio por la violencia que el conflicto armado generó, pero las verdaderas intenciones de Shigure son dar un golpe de estado y acabar con el corrupto e inestable gobierno de la era Meiji. Con el objetivo de impedir un nuevo derramamiento de sangre, Kenshin pone rumbo hacia Tokio. Allí descubrirá que los fantasmas de su pasado aún le persiguen y se verá obligado a participar en un duelo donde uno de los mejores espadachines de Japón morirá.