En el año 2138, los juegos de realidad virtual están en auge. Yggdrasil, un popular juego en línea, se cierra silenciosamente un día. Sin embargo, un jugador llamado Momonga decide no cerrar la sesión. Momonga luego se transforma en la imagen de un esqueleto como "el mago más poderoso". El mundo continúa cambiando, con personajes que no son jugadores (NPC) que comienzan a sentir emociones. Sin padres, amigos o lugar en la sociedad, este joven Momonga se esfuerza por conquistar el nuevo mundo en el que se ha convertido el juego.